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El río Henares, del que Alcalá recibe parte de su nombre se llamó en época romana  "Fenaris", del latín "fenum", el heno. Dicho nombre proviene de los campos de heno que se cultivaban en los alrededores de su cauce.
Posteriormente cuando los árabes conquistaron la península y establecieron el castillo sobre el río, le cambiaron el nombre por "An-Nahr", literalmente "río". Ese nombre indica la gran importancia que tenía para ellos.
Finalmente a su emplazamiento se lo denominó Al-Qala Nahar del que proviene el nombre de Alcalá de Henares, ya que al castellanizar el nombre árabe se adaptó a la palabra castellana "henar", que significa "campo de heno", con lo cual mantuvo su denominación original.

Su nacimiento se produce en la Sierra Ministra a 1.220 m de altitud, cerca de Sigüenza, en la provincia de Guadalajara. Junto al Camarmilla y al Torote, el Henares procede a delimitar el terreno donde se asienta la urbe, de hecho, el Torote se une al Henares  para posteriormente ir este a terminar al Jarama, siendo el Henares su afluente má importante por su longitud y nivel de caudal.

La cuenca del Henares, es una de las más fértiles y de mayor valor ecológico en la ribera del río Tajo, poseyendo una gran biodiversidad, y siendo uno de los ríos de mayor riqueza biológica de la zona central de la Península Ibérica.

Es por ello, que dicha riqueza natural ha sido reconocida con dos LICs aprobados por la Comisión Europea en el listado de la región biogeográfica mediterránea, reconociendo la función básica del río como corredor biológico que permite la conexión entre los diferentes espacios naturales y las especies que los habitan.

A finales del año pasado, concretamente en Octubre y  Noviembre se ha realizado una iniciativa con el apoyo del Ayuntamiento de Alcalá de Henares y de la Universidad de Alcalá de Henares en zonas próximas al casco urbano y que ha consistido en un estudio físico, químico y biológico del río Henares, formación en ecosistemas de ribera, limpieza de residuos en los márgenes y reconocimiento de animales y plantas.

Fuentes: celtiberia.net, Wikipedia, Río henares.