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A partir del siglo XII se forma la villa medieval llamada Burgo de Santiuste, después Alcalá de Santiuste y, más tarde, Alcalá de Henares. La villa se desarrolla de forma radial alrededor de un centro o eje que es la iglesia de los Santos Niños, de donde parten las calles principales hacia las puertas de la muralla.
Este hecho tiene su origen en el martirio, en el año 305 ó 306, de dos hermanos, Justo y Pastor, patronos de Alcalá y de Tielmes, su lugar de nacimiento.

Siendo emperador Diocleciano dio éste la orden de perseguir en todo el Imperio a todos aquéllos que profesaran la fe en Cristo. A finales del siglo III d. J.C. ya había cristianos en la ciudad de Complutum, por lo que el gobernador Daciano, cumpliendo las órdenes de su emperador, mandó a sus soldados para que anunciaran por las calles de la ciudad que todo aquél que no renunciase al cristianismo sería condenado a muerte.
Al no renunciar a su fe, primero fueron juzgados y azotados en el conocido como "Paredón del Milagro" y, como no renunciaban, fueron condenados a muerte. Para cumplir la orden los soldados les cortaron la cabeza de noche el día 6 de agosto del año 306 en un lugar conocido como "Campo laudano". Los soldados enterraron los cuerpos de los niños sin que nadie los viese, así como la piedra donde apoyaron la cabeza; esta piedra puede contemplarse hoy en la cripta existente en la Iglesia-Catedral Magistral de Alcalá de Henares.  

La iglesia Magistral de los Santos Niños surge como parroquia desde 1122, es reconstruida y elevada al rango de Colegiata por el arzobispo Alonso Carrillo de Acuña en 1477. A instancias de Cisneros, se reedifica en 1497, y alcanza el título de Magistral en 1519; se convierte así, junto a la de San Pedro de Lovaina, en Bélgica, en la única iglesia del mundo que alcanza este título. Desde el año 1991 posee el grado de Catedral.
En este edifico de estilo gótico tardío destacan la gran torre con capitel ligeramente inclinado, el museo, la capilla con el cuerpo incorrupto de San Diego de Alcalá, y la cripta, donde se encuentran las reliquias de los Santos Niños y las de San Félix de Alcalá, así como los restos de García de Loaysa, único arzobispo al que se permitió tener tal privilegio. En esta iglesia fueron bautizados Catalina de Aragón (reina de Inglaterra), Fernando de Bohemia (emperador de Alemania) y Manuel Azaña (presidente de la Segunda República Española).

Fuentes: Ayuntamiento de Alcalá de Henares, Portal local de Alcalá de Henares, EducaMadrid